I kad smo na njega vec zaboravili on se vratio!! Nakon što je otišao i sakrio se od ljudi u jednu planinu, ponovno je pronaden. Stvoritelj Mewtwoa Giovanni iako poražen u prvom sukobu s njim (1. Pokemon film), odlucuje ga ponovno uhvatiti. Nakon što je Mewtwo viden od strane Team Rocketa Giovanni krece u akciju zarobljivanja! Ali tu stupaju u akciju naši Ash, Misty i Brock,jer su se opet našli na pravom mjestu u pravo vrijeme. Nakon velike borbe za Mewtwoa, Giovanni napokon biva pobjeden. a Mewtwo ponovno slobodan. Mewtwo odlucuje ovaj put obrisati pamcenje samo onima koji mu žele zlo (prošli put je obrisao svima sjecanje na njega)